El Programa de Educación Rural está destinado a ofrecer orientación y apoyo educativo a los establecimientos educacionales del sector rural, mediante la elaboración de orientaciones, estrategias y herramientas para el mejoramiento de la enseñanza aprendizaje; la superación del aislamiento de los establecimientos educacionales, en particular de las escuelas rurales uni, bi y tridocentes, de las escuelas agrupadas en microcentros, de los cursos combinados y de las escuelas rurales completas.
Actualmente, se cuenta un total de 3.130 establecimientos educacionales rurales, lo que representa el 28,4% del total de establecimientos; 277.972 estudiantes, es decir el 7,7% del estudiantado y el 11,8% de docentes a nivel nacional.
Si bien la mayoría de los establecimientos rurales imparten educación básica (96,5%), existen comunidades educativas rurales para las demás modalidades y niveles educativos del sistema:
| 77.6% | son públicos |
| 56% | cuenta con docentes encargado de escuela rural |
| 45% | son uni, bi y tri docentes |
